Yu-Gi-Oh! GX, orjinal Yu-Gi-Oh! tan 10 yıl sonrasını anlatmaktadır. Yu-Gi-Oh!'taki Törensel Savaş'tan 10 yıl sonra, genç bir çocuk olan Yuuki Judai (Jaden Yuki) Japonya'nın adalarından birinde olan Duellocular Akademisi'ne katılmak için yola çıkar. Orda diğer öğrencilerle tanışır,birçok arkadaş edinir ve birçokta düşman. Judai en düşük sınıf derecesi olan Osiris Kırmızı (Slyfer Kırmızı)'ya konmuştur.Fakat o yeteneklerini diğer öğrencilere karşı test etmeye,bir Duellocular Akademisi öğrensici oalrak değerini kanıtlamaya ve çevresindeki herkesin saygısını kazanmaya devam etmektedir. Karakterler: Yuuki Judai(Jaden Yuki): Hiçbir zaman bir duello teklifini geri çevirmez ve her zaman enerji doludur.Kartların kalbine inanırım ve kartların canlı halini görebilmektedir. Marufuji Sho(Syrus Truesdale): Judai'nin en yakın arkadaşıdır. Syrus'ta Slyfer Kırmızı'dadır ve Judai'nin oda arkadaşıdır. Çekinik ve korkak biir gibi görünmesine rağmen zor zamanlarda arkadaşlarına yarıdm etmek için herşeyi yapar.